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Otro sistema basado en ventanas es X Windows, que fue desarrollado a finales de la década de 1980 en el Instituto de Tecnología de Massachussets (Massachussets Institute of Technology, MIT) para ser utilizado en estaciones gráficas de trabajo. Se ha convertido en una interfaz gráfica estándar en la mayoría de los sistemas basados en Unix, incluyendo algunas distribuciones de Linux.

Aún cuando X Windows provee funcionalidad para dibujar y mover ventanas en la pantalla, así como un cursor para el ratón; éste no provee funcionalidad alguna para la interfaz de usuario, como botones menús, barras de título, etc., que los usuarios esperan. Estas funciones son provistas por otras piezas de software conocidas como administradores de ventanas, conjuntos de herramientas gráficas y similares.

El ambiente de trabajo gráfico más popular en equipos de escritorio basados en Linux se basan en X Windows y provee toda la demás funcionalidad por sí mismo, ofreciendo una interfaz más integrada y uniforme al usuario. Los más populares son KDE y GNome.  Los usuarios de Solares tienen CDE, que provee funcionalidad similar para sus estaciones de trabajo.

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